Al parecer al usar GET tengo que cambiar la ruta de la hoja de estilos y ponerla completa asi:
<link rel="stylesheet" href="http://miweb/estilo.css">
y otros links que simplemente eran tipo volver atrás tambien tienen que ser modificados y ponerles la ruta completa aunque la página php esté en la misma carpeta.
<a href="http://miweb/formularios/empresas.php">Atras</a>