Bueno, pues que mala idea la tuya, si quieres proteger tu propiedad intelectual hay formas legales para ello, "complicar" el código sólo indica lo poco profesional que eres.
La idea de escribir buen código es para que alguien más lo pueda mantener a futuro, pero si lo que buscas es que nadie más lo haga seguro es más fácil contratar a alguien para hacer algo desde cero que contratarte de nuevo para seguir complicando las cosas.
Pero bueno, vamos a ver que sale con tu tema:
Cita: Vengo a preguntaros, a los expertos, qué consejos me podríais dar para hacer muchísimo más complejo mi código?
Eso se solucionaba fácil, si querías código complejo deberías escribir el código con los pies, o contratar a un becario, pero si ya tienes algo hecho "complicarlo" sería básicamente escribirlo de nuevo.
Me sorprenden mentes como las tuyas, en lugar de hacer algo bien siempre buscan la forma de hacer todo mal para los demás.
¿Quieres algo complicado?
Escribe una extensión en C para PHP.
O también puedes compilar tu código a C con HipHop.