Quizá lo estás haciendo mal. Hice un pequeñísimo ejemplo para crear inputs dinámicos y que éstos tengan el método
datepicker aplicado, podrías hacerlo así:
Código Javascript
:
Ver original$("button").click(function(){
$("body").append($("<input type = 'text' />").datepicker());
});
Así es como se ve:
http://jsbin.com/ciluz/1
Saludos