Te dejo un post que hice hace unos días sobre SEO internacional
http://www.victorhdez.es/2014/02/seo...internacional/
Sobre la elección del dominio o carpetas... dependerá mucho de los recursos que dispongas. Ya que el esfuerzo puede ser mayor.
Hoy en día se puede geolocalizar un dominio .com sin problemas y rankear igual de bien que un .es en España o un .de en Alemania.
Lo que es más complicado es rankear un .es en Alemania o un .de en España...