Guardar datos en Tablas de Muchos a muchos Doctrine 2 y symfony 2.3

[masterpuppet]

Hace referencia a la tabla intermedia no a la entidad y si sigues las convenciones de doctrine no es necesario declarar JoinTable.
Fuera de esto, el error que muestras esta relacionado a los forms, tienen que hacer lo que te indica el error, definir __toString en la entidad y retornar la propiedad que quieres que aparezca en el select o bien definir esta propiedad en la opción property del form.

Saludos.