Solamente necesitas escribir las rutas correctas y los archivos serán 
jalados correctamente. Lo que yo te puse es en base al árbol que muestras, asumo que 
img, 
paginas, 
scripts y 
varios están al mismo nivel, dentro de 
images. Si no fuera así, la diferencia de niveles variará, ten cuidado con eso. 
Con un ejemplo se entenderá mejor:   
Código Árbol:
Ver original- raíz  
- |_______img 
- |       |______ imagen1.jpg 
- |       |______ imagen2.jpg 
- |_______css 
- |       |______ estilos1.css 
- |       |______ estilos2.css 
- |_______js 
- |       |______ scripts.js 
- |_______web 
-         |______ index.html 
En este ejemplo, tengo una carpeta 
raíz, que representa a la carpeta principal de una página X, dentro de ella, tengo cuatro carpeta: 
img, 
css, 
js y 
web, habiendo distintos archivos en cada una de ellas. En la carpeta 
web, tengo un archivo HTML de nombre 
index.html el cual viene siendo el único archivo HTML que se mostrará en la página. Para poder 
jalar las imágenes, hoja de estilos y el archivo JS hacia el archivo HTML, tengo que subir un nivel para estar al mismo nivel que las carpetas que contienen a dichos archivo y luego ingresar a cada una de ellas para acceder a los archivos en cuestión.    
Código HTML:
Ver original- <link rel = "stylesheet" type = "text/css" href = "../css/estilos1.css" /> 
- <script type = "text/javascript" src = "../js/scripts.js"></script> 
- <img src = "../img/imagen1.jpg" /> 
Del modo en el que incluí a dichos archivos, es correcto para hacerlo desde el nivel en el que se encuentra el archivo HTML, sin embargo, si estuviera fuera de la carpeta 
web y se encontrara en 
raíz junto a las otras 3 carpetas, ya no sería necesario subir un nivel y se podría acceder a los archivos en cuestión de esta forma:    
Código HTML:
Ver original- <link rel = "stylesheet" type = "text/css" href = "css/estilos1.css" /> 
- <script type = "text/javascript" src = "js/scripts.js"></script> 
- <img src = "img/imagen1.jpg" /> 
Como podrás notar, ya no está presente el 
../, con el cual subía un nivel. Si tuviera que subir más niveles, solamente debo colocar más 
../, los que sean necesarios para cubrir la diferencia de niveles entre el archivo que desea incluir a determinados archivos y éstos.  
PHPeros, estás en lo cierto, no puedo estar más de acuerdo contigo, pero el muchacho quiere aprender a hacerlo con JS, por eso estamos en este foro; de cualquier manera, ahora conoce una mejor forma de hacerlo. 
Saludos