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Iniciado por minimal 
si quieres que tu app oculte el codigo creo que la mejor opcion es que no uses software libre ya para mi esto va en contra el pensamiento del opensource por otro lado si lo ofuscas o ocultas el codigo el cliente no te vera con buenos ojos y se vera en la obligacion de crear un clon te tu aplicacion por lo tanto perderas clientes
Te equivocas de cabo a rabo. Que use de base un software libre o opensource no es el problema. El problema es que usa PHP que es un lenguaje interpretado. Si usase uno compilado no tendría este tipo de problemas. Un ejemplo es GCC, el compilador de código abierto de C y que genera código compilado.
Sobre el que un programa con PHP sea visto con malos ojos simplemente por estar ofuscado... vBulletin usa (si no me equivoco) Zend y es uno de los foros que más se usa.
Así que no compliquemos las cosas, el problema es que es un lenguaje interpretado.