Claro, hay diversas formas.
Ejemplo:
Header.php
Código HTML:
Ver original<!doctype html>
<!-- TUS META TAGS -->
<!-- TUS CSS Y JS -->
Footer.php
Index.php
Código PHP:
Ver original<?php include 'dir/Header.php'; ?>
<section>
<article>
<!-- TU CONTENIDO -->
</article>
</section>
<?php include 'dir/footer.php';?>
Otro ejemplo sería, el body abrirlo desde el mismo index y eliminarlo de los includes. Bueno, son muchas las formas, pero siempre y cuando los elementos mencionados antes no se repitan nunca!
Suerte