Cita:
Iniciado por fmorenop 
No ocurre nada, pero usa el canonical para indicarle cual de ellas es la principal y que google no te penalice por contenido duplicado.
Ejemplo: vamos a suponer que la principal es tu index.php y pero tambien tienes tu index.html en tu raiz del sitio con el mismo contenido google puede tomar esto como contenido duplicado
ahora bien si usas tu index.html para proteger tu index php atraves de una variable pues google obviara a tu index.html y tomara tu index.php como principal porque solo usas el html para proteger la informacion del tu pagina pincipal atraves de un titulo o algun contenido de proteccion para los intrusos.