Cita: Ejemplo: vamos a suponer que la principal es tu index.php y pero tambien tienes tu index.html en tu raiz del sitio con el mismo contenido google puede tomar esto como contenido duplicado
ahora bien si usas tu index.html para proteger tu index php atraves de una variable pues google obviara a tu index.html y tomara tu index.php como principal porque solo usas el html para proteger la informacion del tu pagina pincipal atraves de un titulo o algun contenido de proteccion para los intrusos.
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Me cuesta encontrarle el sentido a todo esto que acabas de decir de proteger contra intrusos el index y demás cosas que mencionas... no hay por dónde cogerlo, lo lamento pero es así...
Si tienes 2 ficheros con el mismo contenido, basta con establecer en ambos el rel="canonical" apuntando a la "página buena" de cara a google y no lo considerará contenido duplicado.