Esta muy bien planteado no querer tener código HTML en tus librerías, las hace muchísimo más reusables.
La solución es muy parecida a la que te ha dado el usuario NSD, pero en vez de hacer el bucle en la clase, lo que haría seria que el método que recoge la información de la base de datos, la devuelva sin ningun tipo de HTML
Código PHP:
$resultado = $this->_stmt->get_result();
return $resultado;
Y después en la vista donde quieras implementar eso, ya sería hacer el bucle, pero en la vista, no en la clase
Código PHP:
$datos = $conection->lastQueryToCombo();
while($fila = $datos->>fetch_assoc())
{
//se imprimen los option
}
El código es solo un ejemplo, ya tu lo implementas con los nombres de variables/metodos correctos etc, espero que se haya entendido.
Un saludo