Es muy sencillo.
Nos dirigimos a la sección de configuración general, una vez dentro buscamos la pestaña de los correos "mail" y dentro de esa pestaña buscamos (Global Email Header Contenido) y eliminamos la siguiente línea.
Código HTML:
<p><a href="{$company_domain}" target="_blank"><img src="{$company_logo_url}" alt="{$company_name}" border="0" /></a></p> Saludos.