¿O sea que quieres que al dar clic en un enlace aparezca un alert? de ser así debes colocar el alert en un evento relacionado al enlace, aunque sigo sin entender lo que explicas, sobre todo cuando dices que "genera el mensaje desde el form".
echo "<a href=\"files/$row_Recordset2[ruta]\">$row_Recordset2[name] onclick=\"alert('mensaje');\"</a>";