Cita: Lo que pregunto es si es posible ejecutar otro que sea independiente del primero, que no le devuelve respuesta al primero ni nada...
Eso no fue lo que preguntaste al inicio.
¿A qué le llamas "independiente" del otro script?
¿Quieres aislar cualquier posible salida?
Usa buffers.
¿Quieres controlar un error o excepción?
Usa un manejador de errores.
El asunto es que no podemos adivinar los resultados del error que mencionas como para poder sugerir algo, es imposible leer tu mente y saber a lo que te refieres.