Tu problema no es de inner joins, es de como acomodas tus líneas
Código PHP:
<table border="1">
<tr>
<td>Cliente: <?php echo $row_result['codigo']; ?></td>
<td>Sistema: </td>
<?php do { ?>
<tr>
<td><?php echo $row_result['sistema']; ?></td>
</tr>
<?php } while ($row_result = mysql_fetch_assoc($result)); ?>
</table>