tienes 2 opciones:
1_ o haces que todos los links cambien y pones un "en." delante de todos los links cuando el usuario clickea en idioma ingles o
2_ (La opción buena) desechas lo que tienes, en el MY_Controller que ya hiciste andar, en el constructor:
- Lees la cookie
- Luego eliges el idioma según el que traiga la cookie con $this->lang->load(). Si no hay cookie le pones el por defecto.
- Deberás hacerte una controladora (podría llamarse language) para cambiar la cookie, de modo que el link de cambio de idioma lo apuntas a ese controller
www.misitio.com/language/en en ese controller seteas la cookie. Para setear la cookie le pasas un array con un valor ej: array('idioma' => 'en')
Eso es todo, no hay más misterio, pero tienes que empezar a codear, no tiene sentido que te haga yo el trabajo, ya tienes el manual, ahora hay que meterle coco