Pasar por json un string con comillas dentro

[pateketrueke]

Pues lo dicho, eso no debería generar ningún problema, no importa lo que le pases a json_encode() siempre lo escapará correctamente.

De igual forma sería bueno saber exactamente el tipo de respuesta que recibe tu Javascript y el mensaje de error, etc.

Aunque ya no es responsabilidad de PHP hasta ese punto.