con isNaN() funciona bien, la funcion retorna true cuando no es un numero, y false cuando es un numero, puedes validarlo asi
<script type="text/javascript">
var num1= prompt ("Introduce el primer numero");
var num2 = prompt ("Introduce el segundo numero");
if(isNaN(num1)){
alert("Error.\nEl primer valor ingresado debe ser numero");
}
if(isNaN(num1)){
alert("Error.\nEl primer valor ingresado debe ser numero");
}
if(!isNaN(num1) && !isNaN(num2)){
var total = num1*num2
alert("El resultado es " + total);
}
</script>
es un ejemplo de muestra, es secillo, y rapido, aca la pagina de documentacion oficial
http://www.w3schools.com/jsref/jsref_isnan.asp
espero te sirva
