Lo que sucede al hacer un include tipo
http://loquesea lo que sucede es que el archivo incluido te lo devuelve ya interpretado por PHP, de ahí que es como si no funcionara el código.
Si bien he leido, tienes:
/cabecera.php (al que quiero llamar)
/modulos/actividades/valoracion.php (el que llama)
Por tanto sería algo así:
include "../../cabecera.php";
Es decir, en valoracion.php bajamos dos carpetas e incluimos el archivo cabecera.php
Eso debería funcionar