Tengo una teoría: Cuando alguien usa frases como "No sé si me explico", "Espero que me entiendan" o similares, es porque de antemano saben que no son claros al exponer su problema.
Bueno, como no hay código y con lo poco que mencionas, pudiera ser que el tiempo de espera se agote y solo necesites ampliarlo con
set_time_limit(), aunque si estás en un servidor compartido es probable que no puedas modificar la configuración en tiempo de ejecución.