Sí, para no perder posición de las antiguas páginas debes hacer una redirección 301 apuntando a las nuevas, de esa forma Google las sustituirá y les pasará la relevancia adquirida a las nuevas.
Las redirecciones 301 lo puedes hacer archivo a archivo con un .php:
Código PHP:
<?
Header( "HTTP/1.1 301 Moved Permanently" );
Header( "Location: http://www.dominio.com/nueva-direccion/" );
?>
O hacerlas a través del archivo .htaccess:
Cita: redirect 301 /vieja-direccion.html http://www.dominio.com/nueva-direccion/