Gracias por tu ayuda amigo, al final lo logre de esta forma:
Código PHP:
$cadena = "Prueba para RUT 16.556.044-0 lala lakla 124 con otro RUT 16.556.044-k, tambien el 16556044-0 o el RUT 16,556,044-0 y el RUT 16,556,044-5";
$patron= "/\d{0,3}.{0,1}\d{0,3}.{0,1}\d{1,3}-[0-9kK]?/";
$sustitucion = '<u>xx.xxx.xxx-x</u>';
$resultado = preg_replace($patron, $sustitucion, $cadena);
echo $resultado;
finalmente el resultado fue este:
Prueba para RUT xx.xxx.xxx-x lala lakla 124 con otro RUT xx.xxx.xxx-x, tambien el xx.xxx.xxx-x o el RUT xx.xxx.xxx-x y el RUT xx.xxx.xxx-x
fue un poco mas simple pero cumple con lo que necesitaba, muchas gracias por tu ayuda amigo :)