Perdona, fallo mío, el script debería ser este:
Código HTML:
if(!alert("El password debe ser al menos de 8 caracteres.")){
document.form2.contrasena.value=("");
document.form2.contrasena.focus();
}
Puse false pero me equivoque, así debería funcionar perfecto.
Como ya dije el problema que tenías era que al hacer click en el Acpetar del alert() te volvía a cambiar el focus, por eso una parte te funcionaba y la otra no. De esta manera no ejecutas los cambios hasta que la ventana se cierra.