No entiendo muy bien lo que quieres hacer, pero para eso yo solo pediria un dato en lugar de 2, y para llenarla uso las posiciones:
Código:
printf("tamaño? -->"); scanf("%d",&tamano);
for(int i=0; i<tamano; i++){
for(int j=0; j<tamano; j++){
printf("Valor para la celda en la columna: %d y renglon: %d -->", i+1, j+1);
scanf("%d", matriz[i][j]);
}
}
Espero que eso te sirva, si no aqui estamos.