Hola, podes dejar una imagen de lo que pasa? Que version de Windows estas usando?
Por cierto cuando compilas usando py2exe es lo mismo que ejecutarlo con tu intérprete, o sea, simplemente py2exe mete python y tu programa en un mismo archivo.
Con respecto a lo de las DLL cuando yo usaba py2exe nunca me preocupé por eso, y ahora que usé un par de veces pyinstaller mucho menos, y siempre me anduvo perfecto en otras PCs
