Guau, me parece que te has complicado terriblemente para lo que quieres.
Puedes mezclar php y html en el mismo archivo sin problemas, no hace falta que andes con tanta separación.
Código PHP:
<html>
<head>
<title>...</title>
</head>
<body>
<?php
$dado1=rand(1,6);
$dado2=rand(1,6);
echo "<p>El dado 1 ha sacado un <b>".$dado1."</b>, el dado 2 ha sacado un <b>".$dado2."</b>. En total has sacado un <b>".($dado1+$dado2)."</b></p>";
?>
</body>
</html>
El código no hace lo mismo que el tuyo, pero te sirve de ejemplo de cómo combinar ambos lenguajes.