Bootstrap: modificar código o implementar css externo?

[pzin]

Yo tocaría el archivo original. Si no vas a usar las reglas compiladas, ¿para qué ponerlas? Tampoco creo que vayas a estar constantemente cambiando la versión de Bootstrap ni actualizar cada vez que salga algo nuevo, y, en el caso de que sea así, siempre puedes usar Git o similar para ver los cambios que había hecho y volver a ponerlos en la versión nueva.