No, haces solo un archivo, con distintas líneas. La línea 0 representa el registro 1 (o el 0, como quieras). Sería algo así.
registros.txt
Código:
registro_0_checkbox_0, registro_0_checkbox_1, registro_0_checkbox_2
registro_1_checkbox_0, registro_1_checkbox_1, registro_1_checkbox_2
registro_2_checkbox_0, registro_2_checkbox_1, registro_2_checkbox_2
Se entiende?
