necesito un consejo

[Malenko]

Creo que a lo que está haciendo referencia es a la diferencia entre "borrado lógico" y "borrado físico".

Un borrado físico es, simplemente, hacer un "delete" del registro. Es decir, borras/eliminas el registro y no puedes acceder a él mediante SQL. Otra cosa es, como comenta @gnzsoloyo, que el motor de la BBDD deje ese espacio reservado físicamente por temas de rendimiento, etc.

El otro borrado, el "lógico" es justo el que comentas. Se indica con un campo de estado o un booleano si el registro está "activo" o en uso. De esta forma puedes mantener un histórico, deshacer "borrados" por errror de una forma mucho más sencilla y rápida, etc.