Sí, tienes razón. Falta el código, aunque no se si esto lo soluciona. El valor del z-index creo que es el correcto.
HTML
#MENU
<div class="menu>
<ul>
<li >enlace1</li>
<li >enlace2</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown">enlace3<b class="caret"></b></a>
<ul class="dropdown-menu">
<li><a href="#">sub-enlace1.3</a></li>
<li><a href="#">sub-enlace2.3</a></li>
</ul></li>
<li >enlace4</li>
</ul>
</div>
#SLIDER
<div class="slider">
<ul>
<li ><img src="img/1.jpg" /></li>
<li ><img src="img/2.jpg" /></li>
<li ><img src="img/3.jpg" /></li>
<li ><img src="img/4.jpg" /></li>
<li ><img src="img/5.jpg" /></li>
</ul>
</div>
#CSS
.menu{
position: absolute;
margin-top: 37.4%;
left:0;
width: 100%;
z-index:9999;
}
.slider{
width:100%;
position: relative;
display: block;
overflow:hidden;
}
Gracias y perdón por mi lapsus.