Tenemos un array global que tiene 16 arrays, y cada uno de esos ultimos array pueden tener hasta 6 valores (un ejemplo, ya se)
Y lo que quieres no es ordenar el global array sino el array del segundo índice por orden descendiente. Voy bien encaminado?
Si es así, la solución seria la siguiente
Código PHP:
$Jockeysarray = array(
"0" => $PNomJoc[$y],
"1" => $P1rocan[$y],
"2" => $P1ropor[$y], este es el campo 2
"3" => $P2dacan[$y],
"4" => $P2dapor[$y],
"5" => $P3racan[$y],
"6" => $P3rapor[$y],
"7" => $Ptrifecta[$y],
"8" => $P4tocan[$y],
"9" => $P4topor[$y],
"10" => $Pcuatrifecta[$y],
"11" => $P5tocan[$y],
"12" => $P5topor[$y],
"13" => $P6tocan[$y],
"14" => $P6topor[$y],
"15" => $Ptotalcarrr[$y],
);
//Si quiere ordenar indice 2 por los indices de ese array
ksort($Jockeysarray[2]);
//Si quiere ordenar indice 2 por los valores de ese array
arsort($Jockeysarray[2]);
Con esto solo el índice 2 se ordena descendientemente, no sé si quieres ordenadorlo por los indices o por los valores, así que te deje ambos casos.
CREO que es esto lo que pides, sino siento no haberte entendido :/
Un saludo!