Misma consulta pero resultados distintos

[gnzsoloyo]

Parece que tienen razón, pero no entiendo por qué se sobreescribe si pertenecen a tablas distintas :S

Porque PHP no entiende ni maneja tablas de MySQL. Lo que PHP recibe es un array, no una tabla. Es en la recuperación del array donde se produce el problema.
Ten en cuenta que el par clave/valor de un array no puede tener dos valores para la misma clave.

Lo pensé así, tal vez me equivoqué en el planteamiento de el diseño de las tablas al nombrar las columnas o tal vez también me equivoqué en la consulta.

TE equivocaste en la consulta. No se deben repetir los nombres de las columnas, ni aunque sean el mismo. Primero porque replicas información sin necesidad, saturando el buffer de datos basura. Y segundo porque generas este tipo de problemas en los lenguajes.
Si el mismo intento lo hubieses hecho en .Net, habrías recibido una excepción por nombre de columna inconsistente.

Haz lo que te dice @darkasecas: Quita la columna que invocas de la segunda tabla. No la necesitas para nada.

Código MySQL:

SELECT
   C.idcategorie,
   C.iduser,
   C.categorie,
   S.idsubcategorie,
   S.subcategorie,
   COUNT(S.idsubcategorie) count_subc
FROM
   categories C
   LEFT JOIN
   subcategories S
   ON C.idcategorie=S.idcategorie
GROUP BY
   C.idcategorie