Lo que te he puesto es una redirección para que todos los errores 404 que muestre a los visitantes haga que redireccione a la página principal y no a ninguna página personalizada de la misma.
De ninguna forma te solucionará esto el problema que tienes.
Podrías dar de baja esas URL's desde las
Herramientas para Webmasters > Índice de Google > Eliminación de URL, pero si tienes 49.000 páginas, va a estar complicada la cosa.
Lo ideal para el futuro de ese proyecto u otros es que antes de hacer los cambios a lo loco te anticipes a crear las redirecciones 301 para que aunque elimines el contenido antiguo, éste redireccione al nuevo y así no devuelva ningún error 404.