¿Como funciona realmente UNION?

[jurena]

echa un vistazo al empleo de
UNION ALL
y UNION DISTINCT o UNION
cita

Si no usa la palabra clave ALL para UNION, todos los registros retornados son únicos, como si hubiera hecho un DISTINCT para el conjunto de resultados total. Si especifica ALL, obtiene todos los registros coincidentes de todos los comandos SELECT usados.

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/union.html

respecto a lo otro que preguntas, claro que puedes escoger la columna que desees, pero a la hora de unirla con otra, ambas deben ser del mismo tipo. También puedes seleccionar mediante filtrado con WHERE cada una de las consultas, pero debes encerrarlas entre paréntesis. Y en ocasiones hay que usar alias

Código MySQL:

SELECT t1.campo1, t1.campo2, t1.campo3 FROM  ((SELECT campo1, campo2, campo3 FROM tabla1 WHERE ...)
UNION ALL
(SELECT campo1, campo2, campo3 FROM tabla2 WHERE...))t1
 

Pero dinos exactamente qué datos tienes con ejemplos concretos y qué debería salir. Así podremos ayudarte mejor porque lo mismo para lo que quieres la solución no es una consulta con UNION.