Bueno, pues tras darle muchas vueltas, y en base a lo iniciado por 
guardarmicorreo ese es el resultado de la SQL que me saca todo, ordenado y agrupado:    
Código SQL:
Ver original- SELECT A.APPLICATION_ID, A.APPLICATION_name_spanish, M.MATERIAL_ID, M.MATERIAL_name_spanish, COUNT(P.PRODUCT_ID) 
- FROM t_products P 
- LEFT JOIN t_products_materials PM ON P.PRODUCT_ID=PM.PRODUCT_ID  
- LEFT JOIN t_materials M ON PM.MATERIAL_ID=M.MATERIAL_ID  
- LEFT JOIN t_products_applications PA ON P.PRODUCT_ID=PA.PRODUCT_ID 
- LEFT JOIN t_applications A ON PA.APPLICATION_ID=A.APPLICATION_ID 
- GROUP BY A.APPLICATION_ID, M.MATERIAL_ID  
- ORDER BY A.APPLICATION_ID ASC, M.MATERIAL_ID ASC 
He hecho revisiones manuales de los cruces y las cantidades mostradas son 100% correctas!!!!  
Gracias a todos por la participación y ayuda.  
Saludos.