¿Y esta consulta, agrupando también por producto? Comprueba ahora los resultados.
   
Código MySQL:
Ver original- SELECT-  p.PRODUCT_ID , IFNULL( COUNT( * ) , 0 )-  total ,-  pa.APPLICATION_ID ,-  pm.MATERIAL_ID 
 
- LEFT JOIN-  t_products_applications pa  ON-  p.PRODUCT_ID  =-  pa.PRODUCT_ID 
 
- LEFT JOIN-  t_products_materials pm  ON-  p.PRODUCT_ID  =-  pm.PRODUCT_ID 
 
- GROUP BY-  p.PRODUCT_ID ,-  pa.APPLICATION_ID ,-  pm.MATERIAL_ID 
 
Respecto a lo otro, claro que esta consulta no te dará todas las posibilidades, pero sí las que tienen datos. Lo otro te lo dará la primera consulta de mi post anterior. Luego uniremos ambas consultas, pero hay que comprobar antes que los datos son los esperados.