Al final he conseguido que funcione, con algo de ayuda, como quería. Os pongo como queda el asunto para quien le interese:
Código PHP:
function myopen(URL, nombre, caracteristicas )
{
if ( URL.length > 1 )
{ saveOpen(URL,nombre,caracteristicas); }
else
{ return true; }
}
saveOpen = window.open;
window.open=myopen;