Supongo que te refieres a hacer esto:
   
Cuando selecciones un valor del combo, aplicas el método 
change de jQuery, el cual ejecutará una función. En dicha función, buscamos entre los checkbox a aquel cuyo nombre coincida con el valor seleccionado el combo, de encontrarse la coincidencia, se marca el checkbox, caso contrario, se lo desmarca (en caso de que haya estado marcado) o se lo deja como está. 
Para iterar sobre los checkbox, utilizo el método 
forEach, pero puedes utilizar cualquier otro bucle. 
Saludos