Si, que nos muestres qué tipo de consultas, cómo son las tablas y qué tipo de datos trabajas, porque con tan poca descripción no hay por donde empezar.
Lo que estás diicendo es muy genérico. En BBDD se trabaja con cosas concretas.
Ahora bien, ten en cuenta que si el problema lo causa la aplicación (9 de cada 10 veces es así), no se solucionará con las querys. Estas a lo más pueden ser más rápidas, dependiendo de qué es lo que la aplicación solicita a la base.
Postea algo de lo dicho (no codigo de porgramación, por favor).