Habria que revisar ese diseño
Cita: -Cambiar el motor a MyISAM
siempre y cuando la bbdd no tenga relaciones entre tablas (MyISAM no las soporta, ni las transacciones....)
Cita: -Cambiar el tipo de dato al que se va a hacer el select (solo habrán consultas de este tipo, ahora es varchar). Aquí es donde me pierdo.
Entiendo que cambiado el tipo de dato a VARBINARY o BLOB mejoraré el rendimiento en los selects, cuál de ellos es mejor para este caso concreto?
ese cambio no va a mejorar los selects, seguramente los empeorara.
Cita: Y alguna idea más para mejorar el rendimiento?
Con la información que das no se puede decir gran cosa, hay indices creados, los select son sobre string completo (los 2000 carcteres) o sobre partes de ese string.