Como te dicen, puedes simplemente imprimir ese CSS desde PHP, aunque depende lo que quieras hacer puede ser mejor idea hacerlo con JavaScript
Código PHP:
Ver original<?php
// podria ser venga en $_GET, $_SESSION mas probablemente, etc
$color ='red';
?>
<style>
mi_div {background-color: <?php echo $color; ?> ;}
</style>