Cita: Tengo instalado el workbench
Quiero imaginar que tienes instalado también el MySQL Server, ¿no?
Hay dos criterios sobre esto: O certificas contra la base todos y cada uno de los usuarios, es decir que cada usuario de la aplicación sea también un user de MySQL, o creas un usuario de aplicación y certificas a los que se registran contra una tabla de usuarios de tu base.
Normalmente la segunda es mejor opción, si estamos hablando de aplicaciones en web.
De todos modos, los permisos dependerán del tipo de acceso que la aplicación realice a la base. Si en la programación creas las queries directamente, requieres permisos diversso (SELECT, UPDATE, DELETE, y otros). Pero si hicieses que toda accion contra la base se realice por meido de stored procedures en ella, sólo necesitas dos permisos (USAGE y EXECUTE), o eventualmente tres (FILE, si hay cargas masivas).
Esta segunda opción es muy usada en aplicaciones de alto riesgo, ya que permite aislar completamente la base de la aplicación, y también aumentar la seguridad antes sql-injection, por ejemplo.