Escribir un valor en properties

[sapales]

Hola:

Tengo un fichero .properties que leo desde una aplicación java pero quiero modificar uno de los pares clave-valor que he leído. ¿Como puedo hacerlo?

Mi duda es que leo un properties (por ejemplo):

# Datos generales
nombre=samuel
perfil=admin

# Conexion
ip=10.100.10.118
password=p4ssw0rd

Modifico por código una clave (por ejemplo):

p.setProperty("perfil", "usuario");

y lo guardo:

p.store(output,null);

Cuando lo abro, se ha desmontado la estructura del fichero:

#Wed May 21 19:28:53 CEST 2014
perfil=usuario
password=p4ssw0rd
ip=10.100.10.118
nombre=samuel

Parece una tontería pero si el fichero no tiene 4 claves como este de ejemplo sino que tiene 20, he perdido su agrupación así como los comentarios.

¿Sabéis decirme cómo puedo evitarlo?