Para comenzar y aprender a hacer temas yo también creo que es mejor tomar uno de los temas por defecto de WordPress y modificarlos.
Pero si quieres comenzar uno desde cero nuestra compañera de foro Nekko escribió este magnífico tutorial que seguro te ayudará a entenderlo todo mejor:
http://www.summarg.com/series/taller...ss-desde-cero/