Un anticipo que se puede hacer es cuando mencionas esto:
Cita: incluso para ejecutar la creación de un IDX el servedor tardaba hrs
nos lleva a la conclusión de que puede darse que el índice esté mal planteado (claves mal elegidas), o bien el tipo de columna no sea adecuado para indexación, al menso en el contexto de la cantidad de registros (que no mencionas).
Pero sin más detalles...