No podes poner los corchetes para estos input, sino que tenes que modificar los name y/o los id con un contador desde PHP
para este ejemplo los name y id se forman de la siguiente manera: alumno[id_alumno]_[contador_input]
Ej: Alumno 1: ID=1:
alumno1_1
Aca te dejo un Ejemplo para 3 alumno, acordate de reemplazar los numeror por los contadores y los id.
Alumno 1: ID=1
Alumno 2: ID=2
Alumno 3: ID=3
Para este caso,
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-2">
<title>Calculo de Promedio con Javascript</title>
<script>
function calcular_prom(id_alumno){
var Aux = null;
Aux = document.getElementById("alumno"+id_alumno+"_1");
var val1 = parseInt(Aux.value);
Aux = document.getElementById("alumno"+id_alumno+"_2");
var val2 = parseInt(Aux.value);
Aux = document.getElementById("alumno"+id_alumno+"_3");
var val3 = parseInt(Aux.value);
Aux = document.getElementById("alumno"+id_alumno+"_4");
var val4 = parseInt(Aux.value);
//Calculo del Promedio
Aux = document.getElementById("res"+id_alumno);
Aux.value = ( val1 + val2 + val3 + val4 ) / 4;
}
</script>
</head>
<body>
<h1>Calculo de Promedio con Javascript</h1>
<form action="#" name"form0" method="post">
<table>
<tr><td><p>Valor 1: </p></td><td><input type="text" name="alumno1_1" id="alumno1_1" value="7,75" disabled></td></tr>
<tr><td><p>Valor 2: </p></td><td><input type="text" name="alumno1_2" id="alumno1_2" value="5,50" disabled></td></tr>
<tr><td><p>Valor 3: </p></td><td><input type="text" name="alumno1_3" id="alumno1_3" value="9,50" disabled></td></tr>
<tr><td><p>Valor 4: </p></td><td><input type="text" name="alumno1_4" id="alumno1_4" value="" onChange="calcular_prom(1);"></td></tr>
<tr><td><p>Resultado: </p></td><td><input type="text" name="res1" id="res1" value="" ></td></tr>
</table>
<table>
<tr><td><p>Valor 1: </p></td><td><input type="text" name="alumno2_1" id="alumno2_1" value="2,55" disabled></td></tr>
<tr><td><p>Valor 2: </p></td><td><input type="text" name="alumno2_2" id="alumno2_2" value="4,50" disabled></td></tr>
<tr><td><p>Valor 3: </p></td><td><input type="text" name="alumno2_3" id="alumno2_3" value="10" disabled></td></tr>
<tr><td><p>Valor 4: </p></td><td><input type="text" name="alumno2_4" id="alumno2_4" value="" onChange="calcular_prom(2);"></td></tr>
<tr><td><p>Resultado: </p></td><td><input type="text" name="res2" id="res2" value="" ></td></tr>
</table>
<table>
<tr><td><p>Valor 1: </p></td><td><input type="text" name="alumno3_1" id="alumno3_1" value="8,75" disabled></td></tr>
<tr><td><p>Valor 2: </p></td><td><input type="text" name="alumno3_2" id="alumno3_2" value="8,50" disabled></td></tr>
<tr><td><p>Valor 3: </p></td><td><input type="text" name="alumno3_3" id="alumno3_3" value="4,50" disabled></td></tr>
<tr><td><p>Valor 4: </p></td><td><input type="text" name="alumno3_4" id="alumno3_4" value="" onChange="calcular_prom(3);"></td></tr>
<tr><td><p>Resultado: </p></td><td><input type="text" name="res3" id="res3" value="" ></td></tr>
</table>
</form>
</body>
</html>
PD: no metas el form en el while para este caso