Pues ahí tienes, ese es un array vacío.
Y viendo tu código la comparación con empty() es correcta, sin embargo el siguiente if() se ejecuta independientemente de la condición anterior.
Debes reestructurar tu lógica al respecto, en caso de no existir el usuario no debería seguir comprobando nada más.
Además esta linea está mal:
Código PHP:
Ver original// MAL
$query = "SELECT * FROM usuario WHERE NOMBRE_USUARIO = '.$username.'";
// BIEN
$query = "SELECT * FROM usuario WHERE NOMBRE_USUARIO = '$username'";
Y eso es porque no estás concatenando correctamente, te sugiero leer el manual al respecto.