Encontrar palabras clave dentro de un archivo de texto

[keyKM]

Hola, me interesa contar el número de veces que se repite una palabra dentro de un archivo de texto, actualmente ya cuento con esa parte. Ahora lo que necesito es que solo se muestren las palabras mas importantes que yo necesito: "palabras clave" , las cuales las quiero capturar en otro archivo de texto. Por ejemplo, si en el primer archivo de texto a analizar se repiten más de 3 veces las palabras "programación" y "php" y dentro del archivo de texto llamado "palabras clave" se encuentra solo la palabra "programación" solo me muestre esa palabra y no "php".

Lo que tengo hasta el momento es esto:

<?php

$texto = file_get_contents('conocimiento.txt');

$texto = strtolower($texto);//todoaminúsculas



$Arreglo_palabras = explode (" ", $texto);

$words = array_count_values($Arreglo_palabras);


foreach ($words as $key_words => $value)
{
if ($value >1)

echo $key_words." - ".$value."<br/>";
}
?>

Nota: El archivo "palabras clave" podría llegar a contener mas de una palabra.

Alguien podría ayudarme??? :D Gracias.