Cita: . El problema llega cuando desde el script php inserto o edito datos entonces ya los guarda mal y no entiendo porque cuando en local esta lo hace bien.
Problema de PHP, no de MySQL. Si las tablas están bien definidas, y la conexión también, entonces el problema no es de base.
Cita: Sólo me queda pensar que sea cosa de apache porque en la bd se guardan desde phpmyadmin así tal cual "á"
No necesariamente. PhpMyadmin está muy depurado como sistema, cosa que el mejor de los desarrollos personales no puede decir. Ni siquiera el tuyo (bah!, el de nadie). Lo más probable es que haya algún punto de algún script donde el dato se corrompa, pero encontrarlo peude ser algo molesto.
Muevo el tema al foro de PHP, donde te pueden ayudar mejor en ese punto.