Al final lo he resuelto de la forma más simple:
parece que, a pesar de indicar el nombre del iframe dónde quiero que se abra la página con TARGET dentro del html, al pasar el control al JS y de ahí al PHP, se pierde el sentido del TARGET, supongo que será por abrir la página de PHP desde JS, así que he eliminado el TARGET del tag <a> y simplemente utilizando el onclick le digo que ejecute la función de JS grabapresen(), Una vez dentro de la función, ésta abre la página grabapresen.php en el iframe utilizando el siguiente código:
window.open("grabapresen.php?ruta="+ruta, "respuesta2")
donde respuesta2 es el nombre del iframe
Sencillo y rápido, y sin problemas
Gracias por vuestra ayuda